1940 m. prasidėjus Lietuvos okupacijai, 1940 m. rugpjūčio 26 d. Finansų ministerija pertvarkyta į Lietuvos TSR Finansų liaudies komisariatą, kurio veiklą 1941 m. nutraukė vokiečių okupacija.
1944 m. Sovietų Sąjungai antrą kartą okupavus Lietuvą, Finansų liaudies komisariato veikla buvo atnaujinta, po kelių metų jis pavadintas Lietuvos TSR Finansų ministerija, o Lietuvos finansai tapo sudėtine Sovietų Sąjungos finansų sistemos dalimi. Lietuvos TSR Finansų ministerija, kaip ir Lietuvos TSR, buvo tik formaliai savarankiška ir veiksni. Toks jos statusas buvo iki pat nepriklausomos Lietuvos valstybės atkūrimo 1990 metais.