Finansų ministerija vykdo Europos Sąjungos ir kitos tarptautinės finansinės paramos programų audito institucijos funkcijas:
- 2021–2027 metų Europos Sąjungos fondų investicijų programos;
- Ekonomikos gaivinimo ir atsparumo didinimo plano „Naujos kartos Lietuva“;
- Šveicarijos Konfederacijos ir Lietuvos Respublikos bendradarbiavimo programos;
- 2014–2021 m. Europos ekonominės erdvės ir Norvegijos finansinių mechanizmų programos;
- Lietuvos Respublikai iš Prisitaikymo prie „Brexit’o“ rezervo skirtų lėšų.