Pagrindinius Lietuvoje galiojančius mokesčius – pridėtinės vertės mokestį, pelno mokestį, gyventojų pajamų mokestį, akcizus – administruoja Valstybinė mokesčių inspekcija.
Lietuvos Respublikos muitinė administruoja muitus ir iš dalies pridėtinės vertės mokestį, taip pat akcizus, kiek tai jai yra pavesta pagal atskirus mokesčių įstatymus.
Mokesčių administravimo įstatymo nustatytais atvejais tam tikrus mokesčių administravimo veiksmus dėl atskirų mokesčių atlieka Aplinkos ministerija (ar jos įgaliota institucija) ir Žemės ūkio ministerija (ar jos įgaliota institucija).
Valstybinio socialinio draudimo įmokas administruoja Valstybinio socialinio draudimo fondo valdyba ir jos teritoriniai padaliniai, tačiau atskirus šių įmokų administravimo veiksmus taip pat atlieka ir Valstybinė mokesčių inspekcija.